... в чем такая принципиальная разница в варианте сервера? ...
Imho принципиальной разницы нет, ставь тот, который лучше знаешь. Если соберешься ставить debian, то советую посмотреть в сторону ubuntu server. Его разработчики пытаются облегчить жизнь админам
плюс у версии LTS поддержка - 5 лет.