И wine их перехватывает!
А с чего ты так решил? Есть логи? Вайну наплевать на расширение, он смотрит на сигнатуру файла.
И что за клиент такой? Я гоняю einstein@home через boinc, никаких проблем с вайном нет.
можешь конечно попробовать chkconfig wine off но врядли проблема в этом.