примерно так:
ln -s /etc/init.d/apache /etc/rc5.d/S60apache
Это если загрузка с иксами. Свой runlevel (цифирка после rc) можно посмотреть в /etc/inittab
В начале start-stop скрипта после строки "#!/bin/sh" напиши:
# Init file for <Servicename>
#
# chkconfig: 2345 55 25
#
# description: <Servicename> startup / shutdown
#
Затем достаточно сказать chkconfig --add <servicename> и все симлинки будут сделаны автоматически. Где servicename это имя файла в /etc/init.d
в нашем случае chkconfig --add apache
Проверить runlevels для сервиса можно командой chkconfig --list <servicename>