Как-то так выглядит вывод git status
# On branch master
# Changes not staged for commit:
# (use "git add/rm <file>..." to update what will be committed)
# (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)
#
# deleted: file1
# modified: file2
#
# Untracked files:
# (use "git add <file>..." to include in what will be committed)
#
# file3
После сверки делаем
git add .
git commit -m "Commit description"
Можно посмотреть какие изменения были сделаны в файликах (для текстовых файликов отлично, для бинарных наверное не очень).