2 Yazichnik, твой способ явно Unix way не назовешь...
да и вообще лучше почитать нежели такое придумывать.
Для начала можно попробовать поставить 2 копии wine и все exe файлы привязать на нативный "не эмулятор".
Далее можно собрать "не эмулятор" из сырцов в пакет в виде форка, и будет счатье.
Ну и напоследок как предложил нео, за исключением того, что использовать не local а домашнюю директорию .wine
PS я думаю если у тя получиться, то можешь писать мануал, будет востребовано (если никто конечно до тя не написал
Dilber MC Theme by HarzeM