Есть на самом деле 3 пути:
1. пересборка, да
2. существует либа, перекодирующая имена файлов для любой программы, подключается элементарно. Писал чувак с ЛОРа, дописывал я, так что стабильность не гарантирована
3. лично я использую convmvfs (в связке с bindfs из-за некоторых граблей):
convmvfs /srv/ftp/pub/movies_cp1251_hide fuse ro,nosuid,nodev,ocharset=cp1251,srcdir=/srv/ftp/pub/movies 0 0
bindfs#/srv/ftp/pub/movies_cp1251_hide /srv/ftp/pub/movies_cp1251 fuse ro,nosuid,nodev,allow_other,default_permissions,user=legolegs,group=users 0 0