как вариант - сделать этолонный правильный resolv.conf
и для каждого интерфейса написать нечто в стиле:
iface eth1 inet static
address 10.1.28.97
netmask 255.255.255.0
gateway 10.1.28.1
up cp resolv.conf.etalon /etc/resolv.conf
это вынуждает каждый раз при поднятии интерфейса перезаписывать файл вариантом с правильными ДНСами.