Непонятно вообще как оно у тебя раньше работало.
he time and date fields are:
field allowed values
----- --------------
minute 0-59
hour 0-23
day of month 1-31
month 1-12 (or names, see below)
day of week 0-7 (0 or 7 is Sun, or use names)
Задание выполняется когда истинно следующее условие:
minute && hour && month && ( day of month || day of week )
У тебя мы видим:
crontab -l* 1 * * * /home/desperate/scripts/download > /home/desperate/scripts/down.log
* 6 * * * /home/desperate/scripts/upload > /home/desperate/scripts/up.log
* 4 * * * /home/desperate/scripts/debian > /home/desperate/scripts/debian.log
5 * * * * /home/desperate/scripts/rt > /home/desperate/scripts/rt.log
Т.е. все три первых задания должны выполняться каждую минуту (!) в час, четыре и шесть часов ночи. И никакие "раньше всё работало" не заменят чтения манов.