А с бекапом баз, лежащих на самбе, при запущенной 1С никто не сталкивался? Есть подозрение, что случиться что-то плохое

Просто с 1С работают круглосуточно.
Давно, когда еще не знал что такое утечка памяти все же обнаружил что толкая утром самбу гарантированно можно опаздывать на работу :-)
на круглосуточно работающей базе есть только один известный мне метод сто процентно надежный. Создать пользователя для бакапу. В глобальном модуле "При начале работы системы" если это он то запускаем выгрузку в текст всех документов за "Рабочая дата -1" в соот-но поименованный файл. В качестве модуля выгрузки удобно взять Export77.ert с ИТС чтобы не писать загрузчик и не париться со ссылками на подчиненные документы и справочниками.
И кстати, а нафига бэкапить базу 1С чем то стороним?
Скорость развертки базы за любой период равна скорости разархивации. Может выполняться неподготовленными пользователями самостоятельно без вызова и ожидания. Если Вы еще не столкнулись с такой необходимостью значит либо мало живете либо работаете в одном месте.