...Единственное - многие приложения в меню стали по 2 дубля. Нужно зайти в конфигурацию меню и поубирать дубликаты в которых есть %m в конце команды запуска (для задумчивых уточню - оставить те пункты меню, где ключа %m НЕТУ).
В М2009 реализовали удобную команду "urpme --auto-orphans" (может и ранее была - не обращал внимание). Так вот - когда сносишь чего-нибудь, KDE4 например - набираешь её в консоли - и, вуаля, находит "осиротевшие" пакеты и спрашивает:"оно тебе надо?", если не надо - удаляешь их. После этого у меня все лишние значки в меню пропали.