На домашней папке доступ только хозяину?
А апач случаем не под отдельным юзером стартует?
(хотя раньше же работало)
Вообще в убунте стремно менять права на домашнюю папку. Мне возвращение всего назад не помогло, пришлось юзера создать нового. Кстати, попробуй тоже

Программерский метод - если машина не заводится, надо выйти и снова зайти

Заодно мб поймешь, где грабли.