парочку сегодня попробую сам сделать.
Если из XP-шки - то не забудь сначала включить кэширование записи на эту флэшку в диспетчере устройств, а то без этого не покажет NTFS в списке файловых систем, в которые можно форматнуть.
Проблемы с кодировками для NTFS не существует по определению, ибо в ней она бывает одна-единственная - UTF16.