скуид может работать и с FTP трафом, проблема в другом трафе и поднятии прозрачной прокси. И для него написано куча анализаторов.
ЗЫ но для этих целей изврат ИМХО
FTP умеет, но помню был какой-то косяк с ним, почему от него отказалси как от прозрачного прокси.....
проще и быстрее лог iptables обработать через ulog, или биллинг прикрутить....если оффлайн статистика не зергуд, а хоца в онлайне кнопка тыкать....